reversecomplement.py

__author__ = 'ssen'

def reversecomplement(pattern):
    complements = {'A':'T', 'C':'G', 'G':'C', 'T':'A'}
    revStr = ""
    patLength = len(pattern)
    for i in range(0,patLength):
        revStr = revStr + complements[pattern[patLength - i - 1]]

    return revStr

rev = reversecomplement('GAGCCTTCCTTGTAGCGCCCTCCATTGCGTTGGGTGTGAACAGGTTTCGCACTACCGCAGTACGGGATCGTGCTATATCTGAAACGGCGTTGGCTATAATCCCCCTAAACAGAGGATAAGCCTGTCCCTAACAGCGACCAGCGACCTAGTATCGCTAGGTCACTTCTGTGCGCCCAGGAGGACGCTAGATCGCCAGTTTCACGATGAAATTCCGGAGCGGCACGTGGCAGCAGATAGGCGTCTCGAGAGTAGTCAAATCAGAACCAGTTTTGAGTGCCCGTTAGAATACTGTCGACACCGTCCGGTCTTGCTCACCATGCGACCGTCGCATGCATGATCCGCTATTTGTGACTAAATGCCACTATACCAAACACATGCATCTCGGCAGTAGATCTAGTCTCAGCACGTTGCGTCTATCCCTCAAGGATAGCGACTTGGGCCCACAGTCGGCAGCAGCGAAACAATCCCTCAGCACGACAGGACCTGACGCGGCGGTTAGCTGTGAGGCTTTAGCGTGCGCGTTTGCTCCAGTTTCTCCAAATGGGTAGCTAATTGGTCCACACACAGGAATAGAGGCCAGGTTATATTAAGTACTTGCTCTATTCATGTGTGCTGCATACTGGACGTTGGCGGCTCTGGATTTACTCATCCCTGCCGGGGAAGACCATAAGAACGCTGCCAACCTACTATGGCGTGTATCTATGACCCGCTCGTTGAACCTAGGCAGCTAGTGGGCGTGTTGAACATCCTACAGCCCTCAGGCTCCTTGCCCTTTGGACGCCTGCATTTTTCAAATACAGGGAAGGACGAATTGCCCTACTTTGACACGCTCATCTGGCCCCACCCTGCAGGAGAGCATCAAATCGGAATCCTAGGATAGGAGTCAAAGCAAAACTTGAAGAAGGAACCACCCGGCAGATGGCTAATAATCAGCGGCATGGGGCGCTAGCGCAACCTCCTCACTGTTTGTACTTTTATTTGCTCCGGAGGTGAATAGGCGCCTAGTACAAACGACGAAAAGTGCAGGACAATGCAACATGTTCGGCCGCTTATGCTACTTCAGGCCTCCAACAAGATTTCAACGCCGATAGTGTCCCGGCATCGTACGCTAGCTCATGTGCACCACTGGGTTGTTACGGGCTTGAATGAGAGATATAAATTACATCGGCTGGAGCCGTTCAGACCCATCAGCGAGGGGCCGTGAACGCTCCGACTTACCGCGAACTGATATAGAGCGCACGTGGCAAAGAGCCGATCGTCCCACAAGTTATAGAGCTCCGTCAGGAGATAACGTGGAAACAGGGGCAACCAGAGAACCAAACCGGTCCTGACGATACACCGCCAGTTCCGCGCCAGTTATACTAATCCGAAACACTACAGCGGTCGCTGGCGCTCGCACCATGCGGATTCTCCCGTCGGTTCGGACAATGTGATTCTAACCACATATTACCGTCGTATGCATGAGACGCTGTCCGCGCGCGAGACTATGAACCAGACCTATCCACATCTCTCTTGGTGGTGTCACAAGTATGTGTACGCCCATGTAGGTCGCGAGTATGATATTAACAGCTGGGCACTTCCTGCTACTAATCAAGCACTATTGTCTCACCCCATGAAATAGAGGAGGCGTAAAACAAGCGGGAACTGATTGATGTGAAAATGATCTGGTGCCCGGCGACTGTCCCGGTTACTCTTTTAAGATAATGGCTAGTTGCTTCGACATAACGCTTCGATGGAAAGATCGAAAAAATGCATAAAGAGTCCGAACCAGTTGGGGTGAAACAATCCTACCCCTGCGCGTTTAGCTGTGATCCGGTAATATCCGTCATTTAATGGGTTTTTCTTTCCAATGTTTCCCTTTTGGTCCTTCCATCTTATTCGCAGTGGCATTATTCGTGCTGGAGAGCATCTGCGGTTGGACGGAGGGTCTAGGACACAGGATTGATGCGGCCTTTGAGATAAGTGGGTACGCTGAACAGGTAGGCTACACCCTTCCAGTCACCCTCCCATTACAGCGCGTAAGTTTCGCTTCATGAAGTGATATGCAGGGGGCGCTGCACCTATAGCGATGGCGATGAACGCTCCCGGACGCCCGACCGGATTCCACCGTGTCCATTACACTGGCACCGCTGCATGTGCGAGCGAAGTGCCTATATCTTTAGTACAAGCAGGAGATGCGCTTTTGAAACGCACATAAAGGCCCGAATGTATCATTGTATGATTGGCTTAATCTAGGGGGACGGGCCATGCGTGCCAATAGCTTATTCCTCTGGATCCTAGTGGCTGCTTGGGGCGAAGTGCACTTCGCCAACAGCGTGACCGGTCGCGGTTCGTAACTGTGGACTTCCCTTACTATGAGAGTTACAAAGGGTCCGCTGGAACGGCAAGGGTATCTATGGTTTCTAGTCCCAGTCCTTGGATGTATATGCCTCATTCTCCAACCCGTTACGCCCTCAACAAGAAGTTTGAGCTAGGGACGAGACTAGCTCTAACGATCACTCCTTACGGCCTGAAATTTCTCCCCTTGGGTCTAAAATCCCCTCCTAGGCGAATTCTTCCTACTGAGAGGTTATTCACCGACTAAAAAGGTTCCTATGGTTATCAGGAGAGACGTTTGGTTGGAGCTCCGTACTCGATCACGCATAATCTTTGGGATTTTTTCCAGTCGGCTGGAGCTACTGCCTGAGACCGTCACTCCCTCATTTCTGGTCCGTTGATAGCTCCTGGATCCTTCACTTGTCCAGGGTAGTTTTTTCTGCATATCCCCGGGGCTGCACTCAGTCTGCGTGGGATTTCCCTGTATAATTTTCTCAAAGGCCATACCATGCCAGCTTAAATGCACGGGATACTACCCTGCCACGAACGACGCAGCACCCCATATTATGTGCGGCTGTAACCACTCCATCCGATTCGCAAGTTTGTCTACTGATCGTCCCATTGTGTCTACGCGCAGCGAACACAGTGGTTTTCTCGAGTAGCCCCTAAAACCATACAGAACCGGACCTAGTGACATTGCGGTTGATCTCTACGAGACCTTACGTTTGTAATGCGGAGGCCTTCAATCCGTGAATATCATTTTTACGAGCTGTAGTCCCCCGGTATTATTAACGCGTATCCCGTTGACAGTGCAGGACAAACCCCAGATAAGATCTTTATGGTCCCCCCACGGCAACTCATACTCATCCCTACTAGCACGGCGAAGAAATGCCCCCTACAGCCGCTAGCCGATCCATAAATTGTGGCGTTCCTAGTGAACGATTACACTGTCACAAGAAATTTTCAGCACCTACCAATACCTACTCACGAATCTGGGCACGCTGTTCTTAAGATATGAGTTCTATTCACTACCGCATCAGGGCGGGGATATTATCGGAAAATGGACTTTCGAGTCACATGTGTACCTTCCTTAGGTGCTGCGGAAGCGGACTACCGTGGCGGTTTTGTAGACCGTTTATAGCAACGCTTCTTCATAAGGTACTACATATACCATCCAGAACCCTGCAAGTGCTAGCAACGGTTACCTGCAGCTAAGCGACGGGCAGGGGGGGCGAATCGCAGGAGTATTAGTCCTGCTCTGCGTCCGGAGGAGAAGGCATACCAGAAGGGGATACTGCAGGGCCACTCGGAGAGTTGCATGCTTCCTCGCCGCTCCAGACGCAAAGAAGGGACAACGCCGCCCTGACACAAGAGAGGCTTGTAATCGTATGTTATACGTTAAAGCAAACAGAAGAGTATTTAAATGTTGTAACATTACCGCATCAGCTTAGTTCCCAGGTGGGAGATGACGCGCCTGTATCATGGTAGGTTTTAATCGCCATGAAGTCGATCCGGAATGGTGACTCTTAGCAGGTCCGTGATTACACACCGCTAAGTTGGTTGGACGAATAGGGAAGTAGCCCATGGGGTCAACGTGTTGATTACTTGTTGAAAATTCAGACGCAAACGCCGGTCAGAAAAATATAATGCTGTTAATCCGCATTGGATTCAGCGAAACAGACTAGCCCCCTTCGTATACAACTTGCAAGATTACGATCCGCAGTCGGCAAATTAGCCTTCGGGGTACTAACTCCCGCCTATCTCCCAAGGCAGCCAGGGAGTGTCTGAGATTACAGCATGATCCCTGCTTGGGCTCGAATGGCAATGCTAGAGCGACGCTGCCGTGTAAACGAAACTATTTAGAGACAGTGAGGTACAGACTGCGAACGGGGGATAGACGCTTTGATGGTCTGGGAACTCCTTACGCTGAAATTTTCTCTGTAATTGCACAACGTTGGGGAGCTGAGATACATTCAACGAGAGCGCCGGCCCCATATTCGCCTACCGAAATCGGAATCCGCGCCATGTATTCCCCAGTGTTAGCGAGCTCGGTTTATGTCTGATCCTGTTTCCCGCACCACATTGTCCAGATGTTGGACAAGTCCCTTCTTAAAAGGCACTGACAGACTTCTCACAGGTCGAATGTTTGTTTCTTTGAACTGGACGATTACAAAGCCAGTAAGCGAGACTAAGCCCCAGAGGACCATGGCCATTTTTGTTTATGTGTACTCCCAACAGCATACGCATCCAGGGTGTATTTTGGAGTATCCAACCATCGACTCCAGCCCGTGATGTAGCAAAGCTCGGAACGCCTAAGAGCTACTTATGCGACCTTAAACTGACTAGTCTTACCGCGAGGTTATATGTGTAGTATAGCCTCGAGTCTCCCTCCCTTCGTGAGAGTGACAGTCGGAAGTTCCCTCCAGCGCACGCCCTTGGCGAAAATCAGCGGGAGGCACTACTTCTGATTACAGTGCACGTGCGATAGTGTGTCTGCTGCTTGTATTCTCTGTAAATCACGCCGAGCCATTCTGGAAAGACCCGAAAGGCACGATCGGTCATTAACCACGCTTCGTACAGCGGTTACACAGTGGTGCCCACACGGGGTGACTATGAAAGATAATACTTAGAATGCTATGCCCTTTCCCCACCAGAGAGCTAATAAATGCTTCATGTACGGTCAAGGGGGTGGAGTCGTACCAAGTTTAACGACCTTCCTTTGACTGCGCCAATACCCTGGACCACCGCCTACATAAGTGATGATTAGCAGTGGTGTAGATTTACTTGTCCTCGAATCCTGCGGATAAGCCTAGTAGCGTTCAGCACAATAATAAATGGTCGACGTTAAACGTAACACGGGTCTCAACTGAAAGGGGCAGGGGCCGCATTAAGATTAGATGAAGATCAGGCTACTATATGTAACTTTCAGCACAAATTCATGAGGCTTAACAACTGGCGGCTAAATCTGGTGTGGAATACCGCACCATTAATCTCGATCTCTCAGTGCAACATTCCCTGTCTAGTAATGAAGCTCCGCCCTATGCAAAGCCAGAAATAGCCTTCATATAAGATAACGGGAAGGTCCTGGTACCATGAGTGAATATCCATCTTGCTCCTAGCTGTTAGCCCGGGAGAATCCAGAAACTACGAAGGGCATAATGAGCGATTGACCCTGCATACGCTCGGAGATTGACAGAGAAAGGGTCTCCATTGAGGTGTCCCTCCATGCGCGCTTGTTGTCATACTTACCTAACGGCTTCAGGTTGTACTTAAATCATCGGAATCGCATAACAGCACTATTATCTATCTGACCCCTCTCGGAGTTGAGATTATAGTGTCTTATTTCCCATCATACCACCCACCATACTCATTTCAACGCCTGCCCACTACTCTATATACATCTGTCGTATGAGCCAGTCCTTCTCATCTCGGCAACTTGTGCCGCCAAAGAGTTGCAGTCCATGAGAAAAGCGTCCAAATCCTTCCAAGGGCACCGGAACTTAGAACGAGAAGGATAGCGGGCTTCGTATCACTTGCAGACGCAATGAGTACCACATGTGCCTACCGGAGGAGTTGAAGGCATCGCGAAATCGAATCGAAGTCGCTATGATGGAAAGACGCGGGAAGCCCACCTCTAGTCGCTGGTAAGGACTACGTTATATGAGTCCATTAGAGCGTAGTTTCCGCCTCTTGAGTATGGCTATGCGCTATGGTCATAAGAACACCGATCTAACGGGAGTGTTCTTCTTTACTAATGGATCCCTGAGACTTCCAGTAGGTCTCTGAGAAGTATCTTGGAATGATAGCTAAGCTAGAGGCATCTCATCCACGGCCTGGTGTTATTGCAATTAATAGTAGGTCTCCTTGTCTGGAGTCATTAGACATCTCACGCTCGGAACAATTGTATTACGGGAGGGGGACAGAACACCGATCATGGGGTTTTTGACACCGGTAGTGGAATGAAAAATGTTAACGTCATTTCTATTATATCCTAAGACTGGAATCCGGAGTCCTTCCTTCCCGATGCATCGCACTGTATCTTAATGACTTACAGGGCGTGGCAAAAGAGGTGAGAATTGTACCCAATATCGGCTAGCAGTGAGCCTTTCGCTAAATCAGAAGCCCACAACCTTACCTGTTATCTAATGGACTACAGTGGGTTAGGGGTATTCTCCCACTCCCCTACGGTTGCGCGAGTTTTAGCCAATGGTCTAGGTCTACCATTATATTGCTACTAGGTGCTAGCCACACGAACACTAGCGACCAGATGGCAGGGAGGAATCAGGCAACGGCTGCATATGTTACTACAATCCGCTGGAGCTTCACTCACCAATGCTCGGCGAATAGATGATCCCATGTATACGAACGCGTGACTAGAGGTCGATATGAACGGAATGCTGGGTTAAGGTCCGGACTCGGCTAAAAGTGAGTATGCTGATCTCATTTAAGACTCTACCGACTGGTATCCTTGTGACAGAAAAGATCGTTATAATGCTACATCGACACCCACTTCGAGTGATAACTGAGGCTTCATCGGCGGCATGAATGGATTAGCTTCCCTAGTGCGTCTGCCTTGCTCCTTTTGTTGATCGCATCGTCCACAATATTTGACCGCGTTCCTGAAAGACGACCTGGAAATGATAGACCGCGGATCCTTTACGCCATAGTCTGCTTTTCCATATGATCGTTAGTTTACTATCCGAGTCGATAGGCGACATATATGAAACAATATTAATTATGTGTCAATAATCTCCCATGTTTGGCATGAAACGTCCACTTCCTTCCGCCTATACGTTTTATGCAGACAGGACGTTTTGACGTGATACCCCGTCGGTTAAGGATTTCTCTACCGTTCCAAGGGAATTAATCAATCCTGAGAACCATTGCGCTCCGGATGAGTAACGCCACCTAGTAAGGATTAGCAGTATAACGGAAGACGTTTGGCATTGCATCTTCGTTGGGGTTACATGTCATTGCTGCGTCCCGTTCATCACGTGATCGTTGTTTGCAACCGTGAGTGATTTATGGAGCTAGACGCGTGTATCCACTATATAAGGGTCGTTGAGATCCATGATGAGCGTATGGCCCGGGGGCCTATTTGGTCGGGAGGCGATGTCGAAAGCAGCGGAATGGGGTGCCCTCTAGAACCGCGTGGCAGATGCTTTAAGAGAAGTTGCTTCTGTAATGCGTAGGTCATATCTAACAGGCTCGCGTAAAAAGAGCTTAACAAAACGCTTTGGAAAATGCTCTCTGGGGAGCACTTTCGATCTCTCACTATTAAATTTAGGTCGTTTATTCATCTCACCAGCTATCATTGGCTGGTCCACAAGTGAATATATCCGGGGAGGAACGCCTTGTACAAGATTATTGTGTGTGCGTCGGAGTTTGTGGGGCAGGCTCAACCATTAACAACTAGTTAATAAGGCACAAAGCGTCGTGAAACCAACTATATGGCTATGCGACGCCTGACCAGCTCTTTATAATTAATCCGCTTCATGGGCGATCAGCAAGGGCAATATTTTGGTATTATGTTGTGACGTTAACTGTATCACGCCAAGGACAGGCGTGCCGCATGCCTCACTTACGTCCCCTCAGGGAAATCAGACGGCTCTTGGCATATTATGGTGCACTAAAGGCTGAGTTATCAGTGTCCTAGGAATAAGGTCTCCGTGTCGGCTTGTTTGTGCGATAGAGCGGAGTTGCTCGATGAGTATCCCGGCGGAAAACACTCTGGCATATACTTTGATGATTGCCTCAGGATGTTTAGCATCTAGTTGCAGCGATAGTCGTAAGTCATAACGCCCGTGCATTCCGAGGGAATTCGATCCTAGTTCAAACCACT')
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